機電工程署新總部大樓的前身是空運貨站，當時由香港空運貨站有限公司擁有及營運，直至1998年機場遷往赤鱲角為止。香港空運貨站有限公司常務董事黃思豪，對這幢大樓有此番感受：

「香港空運貨站有限公司1976年開始於啟德機場營運，為應付不斷增長的貨運需求，公司遂興建2號貨站大樓，大樓並於1991年投入服務，見證了本港空運業的輝煌發展。

「我們喜見特區政府機電工程署運用2號貨站原址，改建成機電工程署新總部大樓。這項工程不但為結構良好的建築物覓得新的用途，大樓外牆亦裝設遮擋陽光及排放熱力的設備，有效節省電力使用，符合現今的環保概念。

「謹此祝願機電工程署藉著設備完善的新總部大樓，為香港社會的繁榮發展寫下光輝的一頁。」