原有的空運貨站2號大樓的低層和中層部分採用了開放式設計，兩側牆壁並非密封，故適合改裝為機電工程署的車輛工場。不過，由於工場範圍必須有足夠的通風設施以保持空氣流通，故難以在這類開放式工作間節省能源；加上大樓貼近行車天橋，故必須加強安全措施。這些問題都必須一一妥善解決。建築署的設計隊伍針對這些問題都能成功找到解決方案，並付諸實行，結果為新總部員工創造了一個現代化和有新意的工作環境。

新大樓的設計以人為本，目的是令員工能更有效率地工作，這點對實踐機電工程署的抱負至為重要。為此，建築署隊伍設計了一個現代化和開揚的地下入口大堂，並為大樓某些部份加建天窗，同時於辦公室樓層大量使用玻璃，多採天然光。為配合員工的需要，設計隊伍更在新總部建造了綠化地帶，並提供一個大型的員工飯堂。設計隊伍與毗鄰商業大廈的發展商經磋商後達成協議，興建一條行人天橋連接兩座大樓，方便前往機電工程署總部大樓的員工、訪客及市民。