廢水回收循環再用系統雖不大耀眼，卻是大樓的另一項重要設施。系統把廢水循環回收再用，從而節省用水。來自淋浴室、洗手盆及廚房的廢水經收集後，經過生物處理、薄膜式微滲透過濾、消毒及調節酸鹼度等過程後，便會儲存在地下水缸，作沖廁之用。廢水回收循環再用系統的每日平均設計流量為26,000升，最多可供2,500名員工使用，足以應付總部大樓員工的需要。

新總部大樓展示了最新的節能技術和可再生能源科技。大樓讓機電工程署的專業工程師和管理人員有機會運用最先進科技，開展新計劃，為市民提供嶄新的服務，惠及整個社會。