蓮塘/香園圍口岸邊境管制站(口岸)的貨檢設施於2020年8月26日正式啓用，促進香港與深圳和粵東地區及鄰近省份的合作及發展。機電署亦有參與這項重要的跨境基建項目，共同實現口岸「以人為本」、「人車直達」的信念。
在口岸項目中，機電署負責管理逾50項工程及有關採購工作，涉及總值約3.5億港元的電子系統，以及八個客戶部門和超過30個承辦商。機電署所進行的其中一項工程，是為口岸引進「門架式」車輛X光檢查系統。有關系統讓每次檢查能同時處理兩輛45尺長的貨櫃車，以及能「透視」貨櫃，即根據貨櫃內貨物的物理特性而顯示貨物。有關系統每小時最多可處理20輛貨櫃車，大大提高驗貨的準確度和貨物清關效率。
此外，機電署亦就口岸項目為香港海關、入境事務處等客戶部門採購包含超過600支鏡頭的閉路電視系統、車輛自動清關支援系統、流動X光車輛掃描系統及高科技毒品分析儀等，涵蓋人流貨流檢測過程中的不同環節。機電署負責統籌這些電子工程項目的招標、設計、執行、安裝、調試及驗收等工作，為客戶部門提供專業可靠的支援。此外，機電署亦負責聯檢大樓內的機電設施、空調設施和升降機等的保養工作。隨着口岸貨檢設施於8月底率先投入運作，機電署繼續執行聯檢大樓的日常保養工作，並隨時準備迎接跨境旅客。