2022年年底，中央政府把位於落馬洲河套區的中央援港應急醫院（應急醫院）移交香港特別行政區政府營運管理。隨後，機電署在2023年1月4日及5日進行技術交接。2023年1月13日，醫務衞生局（醫衞局）與機電工程營運基金（營運基金）簽訂為期五年的服務水平協議，委託營運基金為應急醫院的機電設施及醫療儀器提供維修保養服務。
為了讓應急醫院盡快投入服務，機電署迅速調配具備不同技能的人手，為院內的機電系統和設施進行測試。2023年3月底，機電署已完成第一階段的基礎測試及校驗，包括電力系統安全測試、負壓系統氣壓調節、緊急發電機和電力緊急切換測試，以及就消防設備、供水設施、緊急呼叫和中央廣播系統等進行的相關工作。儘管時間緊迫，機電署人員仍然竭盡所能，羣策羣力克服困難，並一絲不苟處理每個細節。最終所有工作在限期前妥善完成，應急醫院得以如期於2023年4月25日正式啟用，並於同日推出日間放射診斷服務先導計劃作為首階段營運項目，在減輕公立醫院壓力的同時，惠及更多病人。
應急醫院啟用後，為配合其次階段服務計劃，機電署為該院改裝內視鏡及設備消毒室的抽風系統、修復及調校負壓系統、加裝及改建供電設施和插座、新增獨立自動門系統，以及加裝緊急照明系統等多項機電設備。最終微生物化驗室及睡眠測試中心的各項改裝及調試工作順利完成，微生物化驗服務得以於2023年10月3日投入運作，而內視鏡檢驗服務及睡眠測試服務亦於10月31日順利展開。全賴機電署團隊高效幹練，展現專業服務精神，並與相關交接單位衷誠合作，這個項目方能在短時間內順利完成。