2018 年 10 月 16 日早上，港島綫、荃灣綫、觀塘綫及將軍澳綫的信號系統發生故障，機電工程署（機電署）即時派員監督香港鐵路有限公司（港鐵公司）復修系統和進行事故調查。其後，機電署覆核信號系統當天的數據記錄，以及參與港鐵公司與信號系統供應商的海外專家進行的模擬測試。
調查結果顯示，港島綫、荃灣綫、觀塘綫及將軍澳綫的信號系統由兩間供應商提供，四條鐵路綫的兩個信號系統透過區間電腦互相連繫，數據傳輸必須保持同步以確保兩個系統互相溝通以發送行車指令。由於兩個系統的軟件計數器（ software counter ）重置設定不同，導致兩個相連系統於 10 月 16 日早上（即事故發生時）如常進行互相同步程序時出現不協調情況，使信號系統運作不穩定（即不能發出穩定的行車指令）。港鐵公司把相關綫路之間的連繫隔離，以及重新啓動所有電腦後，四條鐵路綫的信號系統才回復正常。該事故與信號系統更新工程及其測試無關。
機電署已指示港鐵公司全面檢查信號系統設備，並在進行信號系統更新工程及測試時繼續密切監察和維護相關系統，包括在有需要時增派人員到關鍵車站的信號設備室候命並即時重啓電腦，以加快恢復信號系統運作。機電署亦要求港鐵公司檢討和執行維護計劃，在軟件計數器達至重置啓動點或上限數值前，人手重置鐵路系統（特別是信號系統）的計數器。此外，港鐵公司亦應成立專責小組，當中應包括學術界及業界專家，以就未來新建鐵路系統及須改動的關鍵鐵路系統，加強軟件整合及表現。