屯馬綫是由原有的馬鞍山綫和西鐵綫及新建的大圍至紅磡段（即顯徑站、鑽石山站擴建部分、啟德站、宋皇臺站、土瓜灣站、何文田站及紅磡站擴建部分的共 11 公里新延綫段）所組成。機電工程署鐵路科作為香港的鐵路安全監管機構，於工程項目的不同階段，評估港鐵公司的設計文件，並就安全相關的鐵路系統（例如：訊號及通訊系統、軌道、架空電纜系統及車站）進行多項實地檢測工作，以確保該新延綫安全運作。
由於紅磡站擴建部分在 2018 年中發現建築工程出現質量問題並進行獨立調查，屯馬綫原定的通車日期因此受到影響。為方便市民，港鐵公司決定先開通大圍至啟德段並連接馬鞍山綫，貫通烏溪沙至啟德，並定為屯馬綫一期。為此，機電工程署鐵路科隨即配合及調配資源，對新鐵路系統進行安全評估和實地檢測。
為免影響原有馬鞍山綫的正常運作，某些鐵路系統（例如配電系統、訊號系統和列車）的檢測工作須於午夜後非行車時段內進行。在與相關政府部門緊密的協調下，機電工程署鐵路科於 2020 年 1 月中確認屯馬綫一期各鐵路系統均達致安全良好。經過各方合作和努力下，屯馬綫一期於 2020 年 2 月 14 日正式開通，為市民往返九龍和新界提供了新一條便捷路徑。
為準備屯馬綫全線開通，機電工程署鐵路科現正與相關政府部門協調和合作，進行屯馬綫新鐵路系統及鐵路設施的安全評估和檢測工作。屯馬綫全線預計可於 2021 年第 3 季開通，為市民帶來更便利的新鐵路服務。