2018 年 10 月 16 日早上，港岛线、荃湾线、观塘线及将军澳线的信号系统发生故障，机电工程署（机电署）即时派员监督香港铁路有限公司（港铁公司）复修系统和进行事故调查。其后，机电署复核信号系统当天的数据记录，以及参与港铁公司与信号系统供应商的海外专家进行的模拟测试。
调查结果显示，港岛线、荃湾线、观塘线及将军澳线的信号系统由两间供应商提供，四条铁路线的两个信号系统透过区间电脑互相连系，数据传输必须保持同步以确保两个系统互相沟通以发送行车指令。由于两个系统的软件计数器（ software counter ）重置设定不同，导致两个相连系统于 10 月 16 日早上（即事故发生时）如常进行互相同步程序时出现不协调情况，使信号系统运作不稳定（即不能发出稳定的行车指令）。港铁公司把相关线路之间的连系隔离，以及重新启动所有电脑后，四条铁路线的信号系统才回复正常。该事故与信号系统更新工程及其测试无关。
机电署已指示港铁公司全面检查信号系统设备，并在进行信号系统更新工程及测试时继续密切监察和维护相关系统，包括在有需要时增派人员到关键车站的信号设备室候命并即时重启电脑，以加快恢复信号系统运作。机电署亦要求港铁公司检讨和执行维护计划，在软件计数器达至重置启动点或上限数值前，人手重置铁路系统（特别是信号系统）的计数器。此外，港铁公司亦应成立专责小组，当中应包括学术界及业界专家，以就未来新建铁路系统及须改动的关键铁路系统，加强软件整合及表现。