机电工程署进行「风险为本的检查」以监测铁路安全，按过往的记录，就可能会对铁路安全运作构成较高风险的方面作出更严密的监察，做法与国际惯例一致。机电工程署并按情况安排安全巡查。此外，机电工程署亦会透过巡查及评估工作，监察港铁公司内部系统及管理措施的稳健性，以确保港铁公司遵行最佳的国际安全做法及标准。此外，机电工程署亦会巡查港铁系统对安全具关键影响的方面，以确保铁路安全。至于新建的铁路，在确认有关铁路可安全运作前，机电工程署会进行安全测试及巡查，确保符合安全要求。机电工程署是香港法定的铁路安全监管机构。机电工程署监管及监察四个铁路系统的安全运作，即港铁营运的铁路网、香港电车、山顶缆车及机场自动客运系统。每个系统按不同的法例和相关规定的规管，以下为条例和规定的详细内容：
机电工程署铁路科的主要工作包括但不限于以下：
机电工程署进行「风险为本的检查」以监测铁路安全，按过往的记录，就可能会对铁路安全运作构成较高风险的方面作出更严密的监察，做法与国际惯例一致。机电工程署并按情况安排安全巡查。此外，机电工程署亦会透过巡查及评估工作，监察港铁公司内部系统及管理措施的稳健性，以确保港铁公司遵行最佳的国际安全做法及标准。此外，机电工程署亦会巡查港铁系统对安全具关键影响的方面，以确保铁路安全。至于新建的铁路，在确认有关铁路可安全运作前，机电工程署会进行安全测试及巡查，确保符合安全要求。
机电工程署于近年进行的巡查数目如下： |
||||||
| 巡查 | 数目 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 （截至 7 月 31 日） | |
| 262 | 348 | 350 | 408 | 418 | 283 | |
为确保港铁公司提供安全可靠的铁路服务，政府已设立「安全及保安统筹委员会」（ SSCC ）及「轨道安全及保安委员会」（ TSSC ）以评估新铁路项目及现有运营车站和铁路行车系统重大改动。 SSCC 及 TSSC 的审查程序主要是由机电工程署统筹，为相关项目及设施进行评估，须获得作为铁路督察的机电工程署就新铁路、扩建工程和重大改建工程核证为「安全及良好」状态，方可开放予公众使用。
为进一步确保在铁路项目的各个阶段（即设计、施工、测试及测试和调试阶段），对安全有重大影响的土木基建及机电装备的质量得到保障，机电工程署已试行「工程项目安全检讨」（ PSR ）程序，以严控整个铁路项目周期。
详细「工程项目安全检讨」可参考以下连结：
为提高铁路工程的长远铁路安全，自 2020 年 11 月起机电工程署铁路科已试行「工程项目安全检讨」（ PSR ）程序，以严格控制整个铁路项目周期。从项目周期的最初阶段，就对铁路项目的安全方面进行评估，涵盖关键铁路系统包括轨道、列车、配电系统、信号系统及屋宇装备。「工程项目安全检讨」程序将包括审核就铁路项目安全送呈的文件中订明与长远铁路安全有关的事项；就个别铁路安全关键系统进行项目安全审核；检视概念设计及设计图则；确保安全关键测试按照规格说明和国际标准进行；检视在不同工程阶段提交的安全隐患登记册及相关风险评估报告；参加与铁路安全相关而在系统启用后无法重复进行的测试等，确保与铁路安全关键系统有关的纪录妥善备存，令长远铁路运作安全得到保障。
鉴于铁路网络不断扩展、旧设施的更新，以及铁路事故可能带来的影响，机电工程署通过引入「主动和全面审核」（ "C&DA" ）加强对整个铁路网络的监管，「主动和全面审核」包括审核整个铁路网络里的四个主要铁路系统，涵盖轨道、供电系统、列车及信号系统的资产管理系统及安全管理系统。
当有铁路事故发生而需要进行调查时，机电工程署会调查事故成因，及跟进港铁公司以确定有合适的改善措施，并确保港铁公司已切实及全面执行有关改善措施，以防止同类事故再次发生。
| 调查 | 数目 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 （截至 7 月 31 日） | |
| 列车 | 33 | 14 | 24 | 13 | 22 | 22 |
| 信号／通讯系统 | 18 | 23 | 13 | 16 | 10 | 5 |
| 配电系统 | 11 | 14 | 7 | 7 | 11 | 3 |
| 路轨 | 11 | 11 | 10 | 16 | 7 | 6 |
| 其他 | 48 | 48 | 59 | 57 | 67 | 38 |
| 总额 | 121 | 110 | 113 | 109 | 117 | 74 |
随着铁路网络的扩展和乘客量的增加，安全挑战也随之而来，同时铁路设施已达到更换时期，安全挑战更为严峻。机电工程署作为监管机构及创科的坚定推动者，一直与港铁公司、学术界及业界合作，探索利用创科解决方案，以提升铁路安全及可靠性。以下是与铁路有关的创新科技项目或技术研究：
为确保内地与香港之间的铁路运输服务安全畅通，机电工程署根据两份与国家铁路局签订的会谈纪要，执行驾驶人员资格管理及安全监管事宜。通过定期会议、人员培训和综合检查，机电工程署与国家铁路局保持紧密的工作关系，以保障过境铁路服务的营运安全。
机电工程署自 2010 年起成为国际铁路安全议会的核心小组成员，该组织旨在提供一个国际平台，深入交流改善铁路安全的经验和个案，为促进国际铁路安全及表现的持续改善作出贡献。机电工程署在 2017 年更联合主办在香港举行的国际铁路安全议会 27 届年度会议，有超过 300 位来自 40 个国家／地区的政府和铁路业界代表参与。
