屯马线是由原有的马鞍山线和西铁线及新建的大围至红磡段（即显径站、钻石山站扩建部分、启德站、宋皇台站、土瓜湾站、何文田站及红磡站扩建部分的共 11 公里新延线段）所组成。机电工程署铁路科作为香港的铁路安全监管机构，于工程项目的不同阶段，评估港铁公司的设计文件，并就安全相关的铁路系统（例如：讯号及通讯系统、轨道、架空电缆系统及车站）进行多项实地检测工作，以确保该新延线安全运作。
由于红磡站扩建部分在 2018 年中发现建筑工程出现质量问题并进行独立调查，屯马线原定的通车日期因此受到影响。为方便市民，港铁公司决定先开通大围至启德段并连接马鞍山线，贯通乌溪沙至启德，并定为屯马线一期。为此，机电工程署铁路科随即配合及调配资源，对新铁路系统进行安全评估和实地检测。
为免影响原有马鞍山线的正常运作，某些铁路系统（例如配电系统、讯号系统和列车）的检测工作须于午夜后非行车时段内进行。在与相关政府部门紧密的协调下，机电工程署铁路科于 2020 年 1 月中确认屯马线一期各铁路系统均达致安全良好。经过各方合作和努力下，屯马线一期于 2020 年 2 月 14 日正式开通，为市民往返九龙和新界提供了新一条便捷路径。
为准备屯马线全线开通，机电工程署铁路科现正与相关政府部门协调和合作，进行屯马线新铁路系统及铁路设施的安全评估和检测工作。屯马线全线预计可于 2021 年第 3 季开通，为市民带来更便利的新铁路服务。