就港铁公司在今年三月十八日新信号系统测试事故，机电工程署（机电署）就事故进行了独立、深入和全面调查，并聘请海外铁路安全专家协助。机电署已完成事故调查，并于今日（七月五日）公布调查结果。
根据调查结果，事故的原因是新信号系统在设计及开发阶段，系统承办商为软件进行修改期间出现程式编写错误，导致主区间电脑在切换至暖备用区间电脑（注）后无法建立中环站的渡线轨道数据。因此，列车自动保护系统未能发挥应有作用，无法防止两列列车同时进入中环站的渡线轨道，导致列车相撞。
除了程式编写错误外，机电署认为引入暖备用区间电脑属承办商的一项独特和非标准设计，有别于其现有信号系统，但该非标准设计所带来的潜在风险并未完全包括在承办商的风险评估内，而承办商亦未有在实地测试前，在可行范围下为暖备用区间电脑作最大程度的模拟测试。因应此新信号系统的重要性及其独特和非标准设计，机电署亦认为港鐡公司在系统测试过程中应加强警觉性及避免过度依赖承办商。
机电署亦已仔细审视港铁公司调查委员会于六月十七日提交的调查报告，信纳港铁公司调查委员会就事故成因的调查结果，即系统承办商一连串的执行错误，令新信号系统软件出现程式编写错误。此结果与机电署独立调查的结果吻合。
机电署知悉港铁公司调查委员会向承办商及港铁公司提出的多项建议，认同建议针对修正编程错误问题及加强新信号系统的开发及测试过程，以避免同类事故再次发生。本署会密切监察港铁公司落实改善措施及其成效，在港铁公司完成改善措施，及本署经审视认为新系统安全后，政府方会容许港铁公司恢复荃湾线新信号系统的行车测试工作。
调查报告已上载机电署网页：