機電工程署進行「風險為本的檢查」以監測鐵路安全，按過往的記錄，就可能會對鐵路安全運作構成較高風險的方面作出更嚴密的監察，做法與國際慣例一致。機電工程署並按情況安排安全巡查。此外，機電工程署亦會透過巡查及評估工作，監察港鐵公司內部系統及管理措施的穩健性，以確保港鐵公司遵行最佳的國際安全做法及標準。此外，機電工程署亦會巡查港鐵系統對安全具關鍵影響的方面，以確保鐵路安全。至於新建的鐵路，在確認有關鐵路可安全運作前，機電工程署會進行安全測試及巡查，確保符合安全要求。機電工程署是香港法定的鐵路安全監管機構。機電工程署監管及監察四個鐵路系統的安全運作，即港鐵營運的鐵路網、香港電車、山頂纜車及機場自動客運系統。每個系統按不同的法例和相關規定的規管，以下為條例和規定的詳細內容：
機電工程署鐵路科的主要工作包括但不限於以下：
機電工程署進行「風險為本的檢查」以監測鐵路安全，按過往的記錄，就可能會對鐵路安全運作構成較高風險的方面作出更嚴密的監察，做法與國際慣例一致。機電工程署並按情況安排安全巡查。此外，機電工程署亦會透過巡查及評估工作，監察港鐵公司內部系統及管理措施的穩健性，以確保港鐵公司遵行最佳的國際安全做法及標準。此外，機電工程署亦會巡查港鐵系統對安全具關鍵影響的方面，以確保鐵路安全。至於新建的鐵路，在確認有關鐵路可安全運作前，機電工程署會進行安全測試及巡查，確保符合安全要求。
機電工程署於近年進行的巡查數目如下： |
||||||
| 巡查 | 數目 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 （截至 7 月 31 日） | |
| 262 | 348 | 350 | 408 | 418 | 283 | |
為確保港鐵公司提供安全可靠的鐵路服務，政府已設立「安全及保安統籌委員會」（ SSCC ）及「軌道安全及保安委員會」（ TSSC ）以評估新鐵路項目及現有運營車站和鐵路行車系統重大改動。 SSCC 及 TSSC 的審查程序主要是由機電工程署統籌，為相關項目及設施進行評估，須獲得作為鐵路督察的機電工程署就新鐵路、擴建工程和重大改建工程核證為「安全及良好」狀態，方可開放予公眾使用。
為進一步確保在鐵路項目的各個階段（即設計、施工、測試及測試和調試階段），對安全有重大影響的土木基建及機電裝備的質量得到保障，機電工程署已試行「工程項目安全檢討」（ PSR ）程序，以嚴控整個鐵路項目周期。
詳細「工程項目安全檢討」可參考以下連結：
為提高鐵路工程的長遠鐵路安全，自 2020 年 11 月起機電工程署鐵路科已試行「工程項目安全檢討」（ PSR ）程序，以嚴格控制整個鐵路項目周期。從項目周期的最初階段，就對鐵路項目的安全方面進行評估，涵蓋關鍵鐵路系統包括軌道、列車、配電系統、信號系統及屋宇裝備。「工程項目安全檢討」程序將包括審核就鐵路項目安全送呈的文件中訂明與長遠鐵路安全有關的事項；就個別鐵路安全關鍵系統進行項目安全審核；檢視概念設計及設計圖則；確保安全關鍵測試按照規格說明和國際標準進行；檢視在不同工程階段提交的安全隱患登記冊及相關風險評估報告；參加與鐵路安全相關而在系統啟用後無法重複進行的測試等，確保與鐵路安全關鍵系統有關的紀錄妥善備存，令長遠鐵路運作安全得到保障。
鑑於鐵路網絡不斷擴展、舊設施的更新，以及鐵路事故可能帶來的影響，機電工程署通過引入「主動和全面審核」（ "C&DA" ）加強對整個鐵路網絡的監管，「主動和全面審核」包括審核整個鐵路網絡裡的四個主要鐵路系統，涵蓋軌道、供電系統、列車及信號系統的資產管理系統及安全管理系統。
當有鐵路事故發生而需要進行調查時，機電工程署會調查事故成因，及跟進港鐵公司以確定有合適的改善措施，並確保港鐵公司已切實及全面執行有關改善措施，以防止同類事故再次發生。
| 調查 | 數目 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2017 | 2018 | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 （截至 7 月 31 日） | |
| 列車 | 33 | 14 | 24 | 13 | 22 | 22 |
| 信號／通訊系統 | 18 | 23 | 13 | 16 | 10 | 5 |
| 配電系統 | 11 | 14 | 7 | 7 | 11 | 3 |
| 路軌 | 11 | 11 | 10 | 16 | 7 | 6 |
| 其他 | 48 | 48 | 59 | 57 | 67 | 38 |
| 總額 | 121 | 110 | 113 | 109 | 117 | 74 |
隨著鐵路網絡的擴展和乘客量的增加，安全挑戰也隨之而來，同時鐵路設施已達到更換時期，安全挑戰更為嚴峻。機電工程署作為監管機構及創科的堅定推動者，一直與港鐵公司、學術界及業界合作，探索利用創科解決方案，以提升鐵路安全及可靠性。以下是與鐵路有關的創新科技項目或技術研究：
為確保內地與香港之間的鐵路運輸服務安全暢通，機電工程署根據兩份與國家鐵路局簽訂的會談紀要，執行駕駛人員資格管理及安全監管事宜。通過定期會議、人員培訓和綜合檢查，機電工程署與國家鐵路局保持緊密的工作關係，以保障過境鐵路服務的營運安全。
機電工程署自 2010 年起成為國際鐵路安全議會的核心小組成員，該組織旨在提供一個國際平台，深入交流改善鐵路安全的經驗和個案，為促進國際鐵路安全及表現的持續改善作出貢獻。機電工程署在 2017 年更聯合主辦在香港舉行的國際鐵路安全議會 27 屆年度會議，有超過 300 位來自 40 個國家／地區的政府和鐵路業界代表參與。
